Fakultas Sains (FS) Unpar berawal dari pendirian Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) di Unpar pada tahun 1993, yang menaungi dua Program Studi Sarjana, yaitu Matematika dan Fisika. Fakultas ini secara resmi didirikan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 34/D/0/1993 tanggal 20 April 1993. Pada tahun 1996, Program Studi Ilmu Komputer dibuka melalui Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 420/DIKTI/Kep/1996 tanggal 8 Agustus 1996.
Perubahan nama FMIPA menjadi Fakultas Teknologi Informasi dan Sains (FTIS) terjadi akibat perubahan nama Program Studi Ilmu Komputer menjadi Teknik Informatika. Berdasarkan surat Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor 4382/D/T/2008 tertanggal 10 Desember 2008 mengenai Ralat Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi di Universitas Katolik Parahyangan, Program Studi Ilmu Komputer diwajibkan berganti nama menjadi Teknik Informatika. Perubahan ini menyebabkan ketidaksesuaian antara nama FMIPA dengan program studi yang berada di bawahnya. Oleh karena itu, melalui Keputusan Pengurus Yayasan Universitas Katolik Parahyangan Nomor II/2009-04/05-Sk tanggal 1 April 2009, FMIPA resmi berganti nama menjadi Fakultas Teknologi Informasi dan Sains (FTIS).
Pada 1 Oktober 2024, FTIS resmi berganti nama menjadi Fakultas Sains (FS). Perubahan ini sejalan dengan perubahan nama salah satu program studi di dalamnya, yaitu Program Studi Teknik Informatika yang sebelumnya menjadi Informatika. Dalam upaya menjaga kualitas pendidikan, selain menerapkan sistem penjaminan mutu internal, FS secara berkala mengikuti proses akreditasi melalui lembaga akreditasi terkait.